那一天在那座悬崖看到的那段影像。那就是一切的开始──预知了殖民卫星坠落的三名小孩被称为「奇迹的孩子们」。宇宙世纪0097，「拉普拉斯之盒」开启后一年。原本行踪成谜的独角兽钢弹3号机凤凰突然现出踪影。联邦军中过去被称为「奇迹的孩子们」的约拿与罗商会的蜜雪儿，两个人参加了「狩猎不死鸟」，追逐凤凰！为了各自的愿望──