特別篇主要描述了各個地區訓練家和寶可夢邂逅的故事。其中涉及不斷被引入的新人訓練家、傳說寶可夢、館主和冠軍、反派等，在很大程度上與遊戲系列相對應。 中文簡體字版《精靈寶可夢 特別篇》圖書，由日本小學館授權吉林美術出版社出版發行。