M日過後~全世界90%的變種人都失去了自己的能力~僅存的變種人大部分都來到了X學院尋求避難~這些難民自稱198~但是隨着國家緊急情況辦公室（簡稱O.N.E.）的到來使得X學院的局勢日趨緊張~上一次大逃亡隨着M先生的離去而告終~但是198還是希望能離開這座名爲庇護所的牢籠~與此同時~外面的世界也不太平~斯特福德市的校園爆炸案引出了超級英雄註冊冊法案~那些昔日的盟友瞬間就劃分成了兩派~註冊派領袖鋼鐵俠爲此曾親訪X學院~希望得到變種人的支持~但是X戰警決定在這件事上恪守中立~不想再惹禍上身~但這並不是所有變種人的想法