因事故而失去雙親的有裡湊，因爲家庭原因轉校到“私立月光館學園”的高中部。 在入住學生宿舍後不久，他就被奇形怪狀的怪物Shadow襲擊，令隱藏在他體內 Persona的能力覺醒。因爲這個契機，有裡湊被迫得知這個被掩蓋的世界真實的一端。 那就是“影時間”。 在月光館學園理事長几月修司領導下，少年少女們組[+展開]組成了“特別課外活動部”。 有裡湊則成爲特別課外活動部的隊長，與危害人類的Shadow作戰[-摺疊]