四個神龜兄弟開始了他們的新冒險,二哥拉斐爾成爲四龜隊長,變身獨樹一幟的筋肉男造型,他還擁有全新的超能力,聚氣之後爆發超能,有點像《鐵拳》丹尼蘭德,除此之外,拉斐爾是第三個用米開朗基羅標誌性用語“Booyakasha”的神龜,指揮萊昂納多、多納泰羅以及米開朗基羅探索紐約,對抗全新登場的敵人,發現超能力[+展開]力。他們最終利用神秘的忍者力量對抗新反派Baron Draxu[-摺疊]