本作的時間爲西曆2074年，也就是前作3年後，世界依然在謎之生物“荒神”的威脅之下。作爲芬里爾本部直屬研究機關“夫萊亞”所屬的特殊部隊“BLOOD”的一員，主人公來到了極東地域。在這裡，因爲最近開始下的謎之血雨而產生了狂暴化的“感應型荒神”，另外，這裡的人們染上了一種不治之病……“黑蛛病”在這個被荒神蹂躪的世界，爲了守護人們的幸福而戰鬥的兵士們，他們各自的選擇將會帶來什麼樣的命運？在這個沒有神的世界，沒有終結的戰鬥再次打響了。