爲了向聯邦學生會發出呼籲，RABBIT小隊決定參加晄輪大祭。 在制定比賽計劃的時候，她們察覺到在主辦學校千年科學學院中有不安定因素在暗中涌動的跡象。 兔子小隊想要通過自身的力量來解決危險，企劃着千年潛入作戰計劃。 另一方面，負責監控晄輪大祭籌備的千尋察覺到了有人入侵了千年，爲了迎擊而啓動了安全防禦系統。