《碧藍幻想》的故事發生在一個大陸飄浮在天空的世界。多年前，世上曾發生名爲“星之民”與“空之民”的戰爭，戰事最終以空之民打倒了擁有神秘技術的星之民而告終。而遊戲的主角則是生活在某個浮空島上的少年，他生活的村落在軍事帝國戰艦失事中遭到摧毀，卻也因此結識了被軍隊所追捕的失憶少女露莉亞，奇怪的是他發現在露莉亞的身上，擁有着早該消失的星之民遺產技術“星見獸”，失去家園的少年與失去記憶的少女，兩人的冒險就此開始啓動。