在不知什麼時候，整個世界被突如其來的未知病毒攻襲，幾乎徹底毀滅。但是隻有13歲以下的孩子不被病毒所感染，僥倖活了下來。可是這些孩子們卻被從地底出現的吸血鬼所統治，並作爲提供血液的家畜飼養。故事的主人公——百夜優一郎和百夜米迦爾就是被抓住的孤兒們之一……