在微觀的世界裡，等待人類的只有絕望！突如其來的神秘病毒，感染者的死亡率高達百分之九十九。帶着這個令人絕望的數字，病毒在日本全土開始蔓延。高中生光太郎的弟弟，也不幸感染了這種病毒。要想救弟弟，就必須捕獲攜帶這種病毒的外星生物——T型異龍。這種據說是唯一擁有病毒抗體的外星生物，身長卻只有五釐米。爲此，光太郎被縮小後，來到了微觀世界中。然而，在這個百分之一的世界裡，等待着光太郎和其他搜索隊員的只有絕望和恐怖！